增值稅專用發(fā)票丟失是在增值稅一般納稅人經(jīng)營過程中經(jīng)常發(fā)生的。在丟失了增值稅專用發(fā)票后，首先應分清丟失發(fā)票的責任，如是銷售方的責任，應接受稅務機關作出的未按規(guī)定保管發(fā)票的處罰；而如是購買方的責任，需要求對方出具丟失發(fā)票的說明或主管稅務機關對其未按規(guī)定保管發(fā)票行為的處罰證明，然后分下列情況處理：1、銷售方丟失增值稅專用發(fā)票（1）丟失空白未開具的增值稅專用發(fā)票的，首先按規(guī)定程序向銷售方當?shù)刂鞴芏悇諜C關、公安機關報失，接受稅務機關處罰；其次，由主管稅務機關代收取“掛失登報費”，并將丟失專用發(fā)票的納稅人名稱、發(fā)票份數(shù)、字軌號碼、蓋章與否等情況，統(tǒng)一傳（寄）中國稅務報社等稅務報刊雜志上刊登“遺失聲明”。（2）銷售方丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，待申報、報稅后向主管稅務機關申請出具《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，并把該證明和丟失發(fā)票的記賬聯(lián)復印件交購買方抵扣。（3）銷售方丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)、發(fā)票聯(lián)其中一聯(lián)（兩聯(lián)沒有全部丟失）的：可讓購買方使用未丟的聯(lián)次到主管稅務機關認證和記賬，復印件留存?zhèn)洳椤?、購貨方丟失增值稅專用發(fā)票（1）如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。（2）如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。