二者有如下區(qū)別：一是用途不一樣：普通發(fā)票進項稅額不能抵扣，專用則可以抵扣；二是開票主體不同：普通發(fā)票增值稅小規(guī)模納稅人可以自行開具，但專用發(fā)票小規(guī)模納稅人要申請稅務局代開；三是發(fā)票聯(lián)次不同：普通發(fā)票一般是兩聯(lián)；專用發(fā)票一般是三聯(lián)；印刷機關不同、開票要求也不同。

增值稅專用發(fā)票既是納稅人的重要會計憑證，又是兼記銷貨方納稅義務和購貨方進項稅額的合法證明。普通發(fā)票是指在購銷商品、提供或接受服務以及從事其他經(jīng)營活動中，所開具和收取的收付款憑證。兩者的區(qū)別如下： 首先，發(fā)票的印制要求不同。增值稅專用發(fā)票由國務院稅務主管部門指定的企業(yè)印制;其他發(fā)票由省、自治區(qū)、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業(yè)印制。 其次，發(fā)票使用的主體不同。增值稅專用發(fā)票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，普通發(fā)票則可以由從事經(jīng)營活動并辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用。 再次，發(fā)票的內(nèi)容不同。增值稅專用發(fā)票除了具備普通發(fā)票所具備的內(nèi)容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內(nèi)容。 第四、發(fā)票的聯(lián)次不同。專用發(fā)票有四個聯(lián)次、七個聯(lián)次兩種，而普通發(fā)票則只有三聯(lián)一種。 最后，發(fā)票的作用也是不同的。專用發(fā)票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證;而普通發(fā)票除運費、收購農(nóng)副產(chǎn)品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他一律不予作抵扣使用。