1、經營目標不同營利性醫(yī)療機構運行的目標是追求利潤最大化;非營利性醫(yī)療機構運行目標是為特定社會目標，不以賺錢為目的。 2、分配方式不同營利性醫(yī)療機構盈利后，投資者對稅后利潤可以分紅，非營利性醫(yī)療機構不以賺錢為目的，但為了擴大醫(yī)療規(guī)模，也可適當盈利，但這種盈利只能用于自身發(fā)展，不能分紅。 3、處置財產方式不同營利性醫(yī)療機構經營不善而終止服務，投資者個人可以自行處置其剩余財產;而非營利性醫(yī)療機構終止服務后，其剩余財產只能由社會管理部門或其他非營利性醫(yī)療機構處置。 4、收支結余的用途不同營利性醫(yī)療機構的收支結余是用于投資者回報。非營利性醫(yī)療機構的收支、結余不能用于投資者回報，也不能為其職工變相分配，所有利潤和盈余只能投入到機構的再發(fā)展中，用于購買設備，引進技術，開展新的服務項目或向公民提供低成本的醫(yī)療衛(wèi)生服務。 5、是否享受財產補貼政府辦的縣及縣以上非營利性醫(yī)療機構，以定向補助為主，由同級財政安排。營利性醫(yī)療機構沒有任何財政補助。 6、價格標準不同營利性醫(yī)療機構提供的醫(yī)療服務實行市場調節(jié)價，醫(yī)療機構根據實際服務成本或市場供求情況自主制訂價格，非營利性醫(yī)療機構提供的醫(yī)療服務實行政府指導價，醫(yī)療機構按照主管部門制訂的基準價，并在其浮動范圍內，確定其本單位實際醫(yī)療服務價格。非營利性醫(yī)療機構的稅收政策根據財政部、國家稅務總局《關于醫(yī)療、衛(wèi)生機構有關稅收政策的通知》(財稅42號)，對營利性醫(yī)療機構有關政策是：該機構取得的收入應按規(guī)定征收各種稅收。為了支持營利性醫(yī)療機構自身的發(fā)展，對營利性醫(yī)療機構取得的收入，直接用于改善醫(yī)療衛(wèi)生條件的，可自取得執(zhí)業(yè)登記之日起，三年內給予以下優(yōu)惠政策：對其取得的醫(yī)療收入免征營業(yè)稅;對其自用的房產土地、車船，免征房產稅、城鎮(zhèn)土地使用稅、車船使用稅。對非營利性醫(yī)療機構的政策是： (1)按照國家規(guī)定取得的醫(yī)療收入免征各種稅收，不按照國家規(guī)定價格取得的收入，不得享受這項政策。 (2)從事非醫(yī)療服務取得的收入，應按照規(guī)定征收各種稅收。 (3)非營利性醫(yī)療機構將取得的醫(yī)療服務收入，直接用于改善醫(yī)療條件的部分，經稅務部門批準，可抵扣其應納稅所得額，就其余額征收企業(yè)所得稅; (4)對非營利性醫(yī)療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮(zhèn)土地使用稅、車船使用稅。