對案件事實(shí)間接審查，即對事實(shí)證據(jù)進(jìn)行審查時(shí)，需要審查以下幾個(gè)方面的內(nèi)容： （1）行政機(jī)關(guān)作出行政行為所認(rèn)定的事實(shí)是否滿足法定的事實(shí)要件； （2）每個(gè)事實(shí)要件是不是都有相應(yīng)的證據(jù)支持； （3）是不是每個(gè)證據(jù)均是可定案的證據(jù)； （4）所有的證據(jù)之間能不能形成不間斷的證據(jù)鏈條； （5）行政機(jī)關(guān)認(rèn)定的事實(shí)是否清楚、具體。從以上五方面審查，以判定行政機(jī)關(guān)認(rèn)定的事實(shí)是否清楚。如果其中有一個(gè)答案是否定的，則案件事實(shí)不清，法官可以事實(shí)不清、主要證據(jù)不足為由裁判行政機(jī)關(guān)敗訴；如果提供的證據(jù)五個(gè)方面都滿足，則行政機(jī)關(guān)認(rèn)定的事實(shí)清楚。一般而言，行政訴訟案件事實(shí)是通過審查事實(shí)證據(jù)來判定行政機(jī)關(guān)認(rèn)定的事實(shí)是否清楚的間接方式審查的。但行政訴訟中也存在法院直接審查案件事實(shí)的特殊情況。例如，第五十四條第四項(xiàng)規(guī)定：顯失公正的，可以判決變更。在行政處罰類案件中，如果通過審查，認(rèn)為行政機(jī)關(guān)的行政處罰顯失公正，決定直接變更行政機(jī)關(guān)的行政處罰時(shí)，法院就要像行政機(jī)關(guān)一樣直接查清案件事實(shí)。因?yàn)榉ㄔ鹤兏姓幜P時(shí)，作出了新的行政處罰——不同于行政機(jī)關(guān)原來的行政處罰。在作出新行政處罰的過程中，法院相當(dāng)于代替行政機(jī)關(guān)行使職權(quán)，就應(yīng)該像行政機(jī)關(guān)一樣依法收集證據(jù)、查清事實(shí)，并在事實(shí)清楚的基礎(chǔ)上作出相應(yīng)的行政處罰。