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根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)的通知》（國稅函發(fā)［1995］110號）在具體計算增值額時，區(qū)分以下幾種情況進行處理：

1、對取得土地或房地產(chǎn)使用權(quán)后，未進行開發(fā)即轉(zhuǎn)讓的，計算其增值額時，只允許扣除取得土地使用權(quán)時支付的地價款，交納的有關(guān)費用，以及在轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)繳納的稅金。

2、對取得土地使用權(quán)后投入資金，將生地變?yōu)槭斓剞D(zhuǎn)讓的，計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權(quán)時支付的地價款、交納的有關(guān)費用，和開發(fā)土地所需成本再加計開發(fā)成本的20％以及在轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)繳納的稅金。

3、對取得土地使用權(quán)后進行房地產(chǎn)開發(fā)建造的，在計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權(quán)時支付的地價款和有關(guān)費用、開發(fā)土地和新建房及配套設(shè)施的成本和規(guī)定的費用、轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金，并允許加計20％的扣除。由于土地增值稅計算業(yè)務(wù)復(fù)雜性，企業(yè)需要提交相關(guān)詳細資料到主管稅務(wù)機關(guān)進行判斷。

一、土地使用權(quán)與在建工程可以進行轉(zhuǎn)讓嗎

土地使用權(quán)與在建工程經(jīng)批準可以進行轉(zhuǎn)讓，房屋建設(shè)工程屬于成片開發(fā)土地的，完成開發(fā)投資總額的百分之二十五以上，經(jīng)市、縣人民政府土地管理部門和房產(chǎn)管理部門批準可以進行轉(zhuǎn)讓。

二、在建工程轉(zhuǎn)讓的流程

綜合現(xiàn)行有關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定，通過資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓方式轉(zhuǎn)讓在建工程，應(yīng)履行以下程序：

1、對雙方已確定的各項轉(zhuǎn)讓內(nèi)容進行逐一清點、核查，或由專業(yè)評估機構(gòu)對目標資產(chǎn)進行評估后確定轉(zhuǎn)讓價格，并在此基礎(chǔ)上簽訂書面轉(zhuǎn)讓合同；

2、在相應(yīng)行政機關(guān)辦理相關(guān)過戶登記。因項目公司主要資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓減少注冊資本的，還須通知債權(quán)人并在報紙上公告，項目公司在履行完畢相應(yīng)債權(quán)債務(wù)關(guān)系后辦理相應(yīng)的注銷手續(xù)；

3、轉(zhuǎn)受讓雙方應(yīng)當(dāng)自土地使用權(quán)變更登記手續(xù)辦理完畢之日起30日內(nèi)，持房地產(chǎn)開發(fā)項目轉(zhuǎn)讓合同到房地產(chǎn)開發(fā)主管部門備案手續(xù)；

4、在建工程相關(guān)建設(shè)用地規(guī)劃許可證、建設(shè)工程施工許可證等部分或全部建設(shè)手續(xù)的更名審批程序；

5、已簽訂的設(shè)計、施工、監(jiān)理、銀行抵押貸款、商品房預(yù)售等在建工程相關(guān)合同、協(xié)議的權(quán)利義務(wù)移轉(zhuǎn)程序等。

通過股權(quán)轉(zhuǎn)讓方式轉(zhuǎn)讓在建工程的，只需簽訂股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議并按規(guī)定辦理股權(quán)轉(zhuǎn)讓的工商變更登記手續(xù)（外商投資企業(yè)還應(yīng)辦理相應(yīng)股權(quán)變更審批手續(xù)）即可完成轉(zhuǎn)讓。由于對外的土地使用權(quán)主體和項目主體并未發(fā)生改變，因此無需進行土地使用權(quán)或資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所必須的相關(guān)權(quán)屬變更登記程序。

綜上，通過資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓方式轉(zhuǎn)讓在建工程，涉及的內(nèi)容相對更多、程序更為復(fù)雜，且政府主管部門審批等不可控的因素更大；相比之下，股權(quán)轉(zhuǎn)讓程序更為簡易、快速。