1、主體不同。公司合并是公司間的行為，主體是參加合并的各公司。公司合并要由參加合并的各公司作出決議，要有合并各方公司簽訂協(xié)議。股權(quán)收購是收購公司與目標(biāo)公司的股東之間的交易行為，主體是收購公司與目標(biāo)公司股東。2、效力不同。公司合并的效力使公司實(shí)體發(fā)生變化，吸收合并中，被吸收的公司解散，喪失法律人格，并入存續(xù)公司。新設(shè)合并中，各方都解散，喪失法律人格，新設(shè)公司取代合并各公司。收購的效力使目標(biāo)公司控股股東發(fā)生變化，目標(biāo)公司本身不發(fā)生變化，依然存續(xù)。收購方成為目標(biāo)公司的唯一股東，目標(biāo)公司作為收購方的全資子公司而存在。3、權(quán)利義務(wù)的承擔(dān)不同。公司合并中解散公司的權(quán)利義務(wù)由合并后存續(xù)公司和新設(shè)公司承擔(dān)，公司收購中，目標(biāo)公司本身未發(fā)生變化，并未喪失法律人格，其權(quán)利義務(wù)由目標(biāo)公司自身承擔(dān)。4、控制程度不同。公司合并中，被并公司完全并入存續(xù)公司或新設(shè)公司，后者取得被并公司的全部財(cái)產(chǎn)、權(quán)利義務(wù)，被并公司作為存續(xù)公司、新設(shè)公司的一部分而完全受其控制。股權(quán)收購中，收購方既可以收購目標(biāo)公司的全部股份，進(jìn)而完全控制目標(biāo)公司，也可以只收購的目標(biāo)公司50%以上的股份，而取得對目標(biāo)公司的控制權(quán)，實(shí)現(xiàn)擁有控制權(quán)下的合資經(jīng)營。5、程序和法律適用也不同。