依據(jù)《最高人民法院關(guān)于民事訴訟證據(jù)的若干規(guī)定》第二十六條當(dāng)事人申請鑒定經(jīng)人民法院同意后，由雙方當(dāng)事人協(xié)商確定有鑒定資格的鑒定機構(gòu)、鑒定人員，協(xié)商不成的，由人民法院指定。第二十七條當(dāng)事人對人民法院委托的鑒定部門作出的鑒定結(jié)論有異議申請重新鑒定，提出證據(jù)證明存在下列情形之一的，人民法院應(yīng)予準許： (一)鑒定機構(gòu)或者鑒定人員不具備相關(guān)的鑒定資格的； (二)鑒定程序嚴重違法的； (三)鑒定結(jié)論明顯依據(jù)不足的； (四)經(jīng)過質(zhì)證認定不能作為證據(jù)使用的其他情形。對有缺陷的鑒定結(jié)論，可以通過補充鑒定、重新質(zhì)證或者補充質(zhì)證等方法解決的，不予重新鑒定。第二十八條一方當(dāng)事人自行委托有關(guān)部門作出的鑒定結(jié)論，另一方當(dāng)事人有證據(jù)足以反駁并申請重新鑒定的，人民法院應(yīng)予準許。第二十九條審判人員對鑒定人出具的鑒定書，應(yīng)當(dāng)審查是否具有下列內(nèi)容： (一)委托人姓名或者名稱、委托鑒定的內(nèi)容； (二)委托鑒定的材料； (三)鑒定的依據(jù)及使用的科學(xué)技術(shù)手段； (四)對鑒定過程的說明； (五)明確的鑒定結(jié)論； (六)對鑒定人鑒定資格的說明； (七)鑒定人員及鑒定機構(gòu)簽名蓋章。綜上可知，在發(fā)生交通事故后，可由雙方當(dāng)事人協(xié)商確定有鑒定資格的鑒定機構(gòu)、鑒定人員，如果協(xié)商不成，可以由人民法院指定。

訴訟程序中司法鑒定機構(gòu)的選擇如下：自行鑒定沒有爭議的情況下，可以作為醫(yī)療糾紛處理的依據(jù)，行政鑒定是行政機關(guān)處理醫(yī)療糾紛的依據(jù)， 如果沒有爭議，經(jīng)法院審查合法，也可以作為訴訟案件定案依據(jù)。 司法鑒定除具有一般鑒定的屬性外還具有司法權(quán)威性，在對鑒定結(jié)論存在爭議的情況下，司法鑒定作為司法活動往往行使最終決定權(quán)； 司法鑒定通常還作為法官認證的工具，實踐中通常以司法鑒定結(jié)論作為裁判的依據(jù)。