1、主體不同。就業(yè)協(xié)議的主體是畢業(yè)生、用人單位和學校，其中畢業(yè)生與用人單位的主體作用不言而喻，學校作為一個主體，其作用是維護畢業(yè)生就業(yè)工作的良好秩序，保障畢業(yè)生和用人單位的合法權益，并兼有證明學生畢業(yè)信息的真實性。而勞動合同是勞動者與用人單位之間在遵循平等自愿的原則下依法簽訂的，只有勞動者和用人單位兩個主體。 2、依據(jù)不同。就業(yè)協(xié)議依據(jù)的是教育部頒發(fā)的部門規(guī)章，勞動合同依據(jù)的是《勞動法》和《民法典》。 3、內容差異。就業(yè)協(xié)議可規(guī)定畢業(yè)生自身情況、就業(yè)意向、用人單位同意接收、學校派遣等，而在勞動合同中，依法必須明確勞動合同期限、工作內容、勞動保護和勞動條件、勞動報酬和勞動紀律、合同終止條件，以及違反合同的責任等必備條款。除此之外，雙方還可以協(xié)商約定其他內容，在具體涉及到某項時還可以優(yōu)先適用本地地方法規(guī)和規(guī)章。 4、簽訂時期不同。就業(yè)協(xié)議一般在學生畢業(yè)前簽訂，正式簽訂勞動合同只有等到畢業(yè)后方可。 5、效力不同。就業(yè)協(xié)議只是畢業(yè)生在“擇業(yè)”過程中簽訂的協(xié)議，其效力始于簽訂之日，終于畢業(yè)生與用人單位簽訂勞動合同之時。勞動合同的有效期，是勞動者與用人單位以合同方式確定的，除法律規(guī)定的情形外，雙方不得隨意變更、中止。對畢業(yè)生來說，到用人單位報到后，在雙方簽訂勞動合同之后，原就業(yè)協(xié)議隨之失效。從這點來看，就業(yè)協(xié)議不能替代勞動合同。

就業(yè)協(xié)議書與勞動合同的區(qū)別主要是，就業(yè)協(xié)議書的主體有三方，分別是畢業(yè)生、用人單位和高等學校。而勞動合同的主體是雙方，分別是用人單位和勞動者。