因員工懷孕克扣員工的工資可以申請(qǐng)勞動(dòng)仲裁，并且還可以要求公司補(bǔ)足已扣減的工資或者繼續(xù)履行勞動(dòng)合同。根據(jù)我國有關(guān)法律法規(guī)，用人單位不可以因?yàn)榕毠言?、生育、哺乳而減薪、解聘、解除勞動(dòng)合同或者聘用的合同。

首先，根據(jù)勞動(dòng)合同法的規(guī)定，用人單位不得克扣或者無故拖欠勞動(dòng)者的工資。另外，國務(wù)院頒布的《女職工勞動(dòng)保護(hù)特別規(guī)定》第五條規(guī)定：“用人單位不得因女職工懷孕、生育、哺乳而降低其工資、予以辭退、與其解除勞動(dòng)或者聘用合同?！钡诹鶙l規(guī)定：“女職工在孕期不能適應(yīng)原勞動(dòng)的，用人單位應(yīng)根據(jù)醫(yī)療機(jī)構(gòu)的證明，予以減輕勞動(dòng)量或者安排其他能夠適應(yīng)的勞動(dòng)。對(duì)懷孕7個(gè)月以上的女職工，用人單位不得延長勞動(dòng)時(shí)間或者安排夜班勞動(dòng)，并應(yīng)當(dāng)在勞動(dòng)時(shí)間內(nèi)安排一定的休息時(shí)間。懷孕女職工在勞動(dòng)時(shí)間內(nèi)進(jìn)行產(chǎn)前檢查，所需時(shí)間計(jì)入勞動(dòng)時(shí)間?！币虼?，不論是公司克扣您的工資，還是因?yàn)閼言邢胍_除您，您都可以申請(qǐng)勞動(dòng)仲裁，要求公司將扣罰的工資補(bǔ)足或繼續(xù)履行勞動(dòng)合同。這樣一來，您在產(chǎn)假期間勞動(dòng)關(guān)系沒有解除，對(duì)產(chǎn)假期間的生育津貼不會(huì)有影響。