運(yùn)輸合同糾紛較一般合同糾紛復(fù)雜，它涉及到承運(yùn)人是否正確履行合同、是否造成貨物毀損、是否按時(shí)運(yùn)到，收貨人是否履行收貨義務(wù)等。從便利審判與訴訟以及存在實(shí)際聯(lián)系的角度出發(fā)，運(yùn)輸合同糾紛由運(yùn)輸始發(fā)地、目的地或被告住所地法院管轄是適宜的。目的地是指客、貨運(yùn)輸?shù)淖罱K到達(dá)地。運(yùn)輸合同可能是單一的運(yùn)輸工具來完成，比如由路上運(yùn)輸或者水上運(yùn)輸或者空中運(yùn)輸單獨(dú)完成，也有可能采取的是多種運(yùn)輸工具聯(lián)合運(yùn)輸，路上運(yùn)輸還存在公路運(yùn)輸和鐵路運(yùn)輸之分。采用不同的運(yùn)輸工具，就可能形成是由普通法院管轄還是由專門法院管轄的問題。實(shí)踐中處理這一問題的基本原則是： 1、如果是采用單一運(yùn)輸工具，則按運(yùn)輸工具不同來確定管轄法院，比如采用水運(yùn)，則由海事法院管轄，采用鐵路運(yùn)輸，則由鐵路運(yùn)輸法院管轄; 2、如果是采取聯(lián)合運(yùn)輸，根據(jù)具體情況，凡是與海事有關(guān)的，由海事法院管轄，與鐵路運(yùn)輸有關(guān)的，由鐵路運(yùn)輸法院管轄; 3、在聯(lián)合運(yùn)輸中，如果同時(shí)存在水運(yùn)和鐵路運(yùn)輸?shù)模绾未_定管轄法院，法律并未作出具體規(guī)定，在這處情況下，可以由當(dāng)事人選擇法院管轄。

因鐵路、公路、水上、航空運(yùn)輸和聯(lián)合運(yùn)輸合同糾紛提起的訴訟，由運(yùn)輸始發(fā)地、目的地或者被告住所地人民法院管轄。