建設(shè)工程合同糾紛處理流程如下： 1、嚴(yán)格招投標(biāo)和承發(fā)包程序，優(yōu)選施工單位，嚴(yán)格控制工程分包和轉(zhuǎn)包。 2、建設(shè)前期加強(qiáng)立項(xiàng)管理，打足投資，保證歸口使用資金80%以上存入銀行，?？顚Ｓ?。 3、加強(qiáng)合同和信息管理，簽定協(xié)議盡量采用規(guī)范的合同示范文本，對附加條款要仔細(xì)推敲，咨詢有關(guān)專家，請專家給予指導(dǎo)。 4、嚴(yán)格進(jìn)行工程變更把關(guān)，嚴(yán)禁通過設(shè)計變更擴(kuò)大建設(shè)規(guī)模，增加工程內(nèi)容，提高建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)，對必須變更的，應(yīng)先做工程量和造價增減分析。 5、加強(qiáng)隱蔽工程的檢查驗(yàn)收，完善隱蔽工程現(xiàn)場簽證手續(xù)。 6、及時解決工程中的索賠問題。 7、結(jié)算時，力爭不漏算，不錯套定額，不亂取費(fèi)，并委托具有資質(zhì)的造價咨詢機(jī)構(gòu)進(jìn)行結(jié)算、委托資深望重的造價工程師主持結(jié)算工作。 8、進(jìn)一步規(guī)范業(yè)主、承包商、政府行政管理部門的行為，不瞎指揮。

建筑工程合同糾紛不能約定管轄。合同或者其他財產(chǎn)權(quán)益糾紛的當(dāng)事人可以書面協(xié)議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標(biāo)的物所在地等與爭議有實(shí)際聯(lián)系的地點(diǎn)的人民法院管轄，但不得違反本法對級別管轄和專屬管轄的規(guī)定。因此，建設(shè)工程施工合同的當(dāng)事人可以按照這一法律規(guī)定約定糾紛訴訟的管轄法院。