員工存在單位的指紋卡。是可以以此作為證據(jù)之一，申請勞動仲裁確認勞動關(guān)系的存在的。員工因為勞動關(guān)系的確認出現(xiàn)糾紛是可以申請勞動仲裁進行維權(quán)確認的。依據(jù)《勞動爭議調(diào)解仲裁法》第二條中華人民共和國境內(nèi)的用人單位與勞動者發(fā)生的下列勞動爭議，適用本法：（一）因確認勞動關(guān)系發(fā)生的爭議；（二）因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發(fā)生的爭議；（三）因除名、辭退和辭職、離職發(fā)生的爭議；（四）因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓(xùn)以及勞動保護發(fā)生的爭議；（五）因勞動報酬、工傷醫(yī)療費、經(jīng)濟補償或者賠償金等發(fā)生的爭議；（六）法律、法規(guī)規(guī)定的其他勞動爭議。第二十七條勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當(dāng)事人知道或者應(yīng)當(dāng)知道其權(quán)利被侵害之日起計算。前款規(guī)定的仲裁時效，因當(dāng)事人一方向?qū)Ψ疆?dāng)事人主張權(quán)利，或者向有關(guān)部門請求權(quán)利救濟，或者對方當(dāng)事人同意履行義務(wù)而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。因不可抗力或者有其他正當(dāng)理由，當(dāng)事人不能在本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續(xù)計算。勞動關(guān)系存續(xù)期間因拖欠勞動報酬發(fā)生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間的限制；但是，勞動關(guān)系終止的，應(yīng)當(dāng)自勞動關(guān)系終止之日起一年內(nèi)提出。第二十八條申請人申請仲裁應(yīng)當(dāng)提交書面仲裁申請，并按照被申請人人數(shù)提交副本。仲裁申請書應(yīng)當(dāng)載明下列事項：（一）勞動者的姓名、性別、年齡、職業(yè)、工作單位和住所，用人單位的名稱、住所和法定代表人或者主要負責(zé)人的姓名、職務(wù)；（二）仲裁請求和所根據(jù)的事實、理由；（三）證據(jù)和證據(jù)來源、證人姓名和住所。書寫仲裁申請確有困難的，可以口頭申請，由勞動爭議仲裁委員會記入筆錄，并告知對方當(dāng)事人。