運輸合同糾紛較一般合同糾紛復(fù)雜，它涉及到承運人是否正確履行合同、是否造成貨物毀損、是否按時運到，收貨人是否履行收貨義務(wù)等。從便利審判與訴訟以及存在實際聯(lián)系的角度出發(fā)，運輸合同糾紛由運輸始發(fā)地、目的地或被告住所地法院管轄是適宜的。目的地是指客、貨運輸?shù)淖罱K到達地。 運輸合同可能是單一的運輸工具來完成，比如由路上運輸或者水上運輸或者空中運輸單獨完成，也有可能采取的是多種運輸工具聯(lián)合運輸，路上運輸還存在公路運輸和鐵路運輸之分。 采用不同的運輸工具，就可能形成是由普通法院管轄還是由專門法院管轄的問題。實踐中處理這一問題的基本原則是： (1)如果是采用單一運輸工具，則按運輸工具不同來確定管轄法院，比如采用水運，則由海事法院管轄，采用鐵路運輸，則由鐵路運輸法院管轄; (2)如果是采取聯(lián)合運輸，根據(jù)具體情況，凡是與海事有關(guān)的，由海事法院管轄，與鐵路運輸有關(guān)的，由鐵路運輸法院管轄; (3)在聯(lián)合運輸中，如果同時存在水運和鐵路運輸?shù)?，如何確定管轄法院，法律并未作出具體規(guī)定，在這種情況下，可以由當(dāng)事人選擇法院管轄。

《中華人民共和國民事訴訟法》第二十三條因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。 《中華人民共和國民事訴訟法》第二十七條因鐵路、公路、水上、航空運輸和聯(lián)合運輸合同糾紛提起的訴訟，由運輸始發(fā)地、目的地或者被告住所地人民法院管轄。 《中華人民共和國民事訴訟法》第三十四條合同或者其他財產(chǎn)權(quán)益糾紛的當(dāng)事人可以書面協(xié)議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地等與爭議有實際聯(lián)系的地點的人民法院管轄，但不得違反本法對級別管轄和專屬管轄的規(guī)定。 《中華人民共和國民事訴訟法》第三十三條下列案件，由本條規(guī)定的人民法院專屬管轄： （一）因不動產(chǎn)糾紛提起的訴訟，由不動產(chǎn)所在地人民法院管轄； （二）因港口作業(yè)中發(fā)生糾紛提起的訴訟，由港口所在地人民法院管轄； （三）因繼承遺產(chǎn)糾紛提起的訴訟，由被繼承人死亡時住所地或者主要遺產(chǎn)所在地人民法院管轄。