就業(yè)協(xié)議適用《民法典》，勞動(dòng)合同適用《勞動(dòng)合同法》；就業(yè)協(xié)議書主體為畢業(yè)生、用人單位和高等院校，勞動(dòng)合同的主體是勞動(dòng)者和用人單位；因就業(yè)協(xié)議發(fā)生糾紛，不能申請(qǐng)勞動(dòng)爭(zhēng)議仲裁，勞動(dòng)合同爭(zhēng)議可以申請(qǐng)。

1、主體不同。就業(yè)協(xié)議的主體是畢業(yè)生、用人單位和學(xué)校，其中畢業(yè)生與用人單位的主體作用不言而喻，學(xué)校作為一個(gè)主體，其作用是維護(hù)畢業(yè)生就業(yè)工作的良好秩序，保障畢業(yè)生和用人單位的合法權(quán)益，并兼有證明學(xué)生畢業(yè)信息的真實(shí)性。而勞動(dòng)合同是勞動(dòng)者與用人單位之間在遵循平等自愿的原則下依法簽訂的，只有勞動(dòng)者和用人單位兩個(gè)主體。 2、依據(jù)不同。就業(yè)協(xié)議依據(jù)的是教育部頒發(fā)的部門規(guī)章，勞動(dòng)合同依據(jù)的是《勞動(dòng)法》和《民法典》。 3、內(nèi)容差異。就業(yè)協(xié)議可規(guī)定畢業(yè)生自身情況、就業(yè)意向、用人單位同意接收、學(xué)校派遣等，而在勞動(dòng)合同中，依法必須明確勞動(dòng)合同期限、工作內(nèi)容、勞動(dòng)保護(hù)和勞動(dòng)條件、勞動(dòng)報(bào)酬和勞動(dòng)紀(jì)律、合同終止條件，以及違反合同的責(zé)任等必備條款。除此之外，雙方還可以協(xié)商約定其他內(nèi)容，在具體涉及到某項(xiàng)時(shí)還可以優(yōu)先適用本地地方法規(guī)和規(guī)章。 4、簽訂時(shí)期不同。就業(yè)協(xié)議一般在學(xué)生畢業(yè)前簽訂，正式簽訂勞動(dòng)合同只有等到畢業(yè)后方可。 5、效力不同。就業(yè)協(xié)議只是畢業(yè)生在“擇業(yè)”過(guò)程中簽訂的協(xié)議，其效力始于簽訂之日，終于畢業(yè)生與用人單位簽訂勞動(dòng)合同之時(shí)。勞動(dòng)合同的有效期，是勞動(dòng)者與用人單位以合同方式確定的，除法律規(guī)定的情形外，雙方不得隨意變更、中止。對(duì)畢業(yè)生來(lái)說(shuō)，到用人單位報(bào)到后，在雙方簽訂勞動(dòng)合同之后，原就業(yè)協(xié)議隨之失效。從這點(diǎn)來(lái)看，就業(yè)協(xié)議不能替代勞動(dòng)合同。