宅基地使用權糾紛由人民政府處理。對當事人之間因宅基地而引發(fā)的糾紛，只要一方當事人提出爭議，雙方宅基地使用證存在著界限不明確或界限重合或雙方均無宅基地使用證的情形就屬于權屬不清，雙方協(xié)商不成，必須由人民政府處理，由政府作出確權決定。

與他人發(fā)生宅基地糾紛時，首先可以與他人協(xié)商解決。也可以找當?shù)仡I導和鄉(xiāng)土地管理部門幫助處理。如果解決不了，可以向當?shù)厝嗣穹ㄔ禾崞鹪V訟，要求保護自己的合法權益。 《中華人民共和國憲法》和土地管理法都明確規(guī)定，農村和城市郊區(qū)的土地所有權除法律規(guī)定屬于國家所有的以外，都屬于集體所有，個人只享有使用權。但個人對農村土地的使用權同樣是受到法律保護的，任何單位和個人都不得非法侵占。 我國《土地管理法》中對宅基地糾紛的解決辦法，主要有以下三種。 (1)協(xié)商解決。土地管理法第16條第1款規(guī)定：“土地所有權和使用權爭議，由當事人協(xié)商解決；協(xié)商不成的，由人民政府處理?！睋?jù)此規(guī)定，公民之間發(fā)生的宅基地糾紛，應當先通過協(xié)商的方式加以解決。 (2)行政解決。土地管理法第16條第2款規(guī)定：“單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉(xiāng)級人民政府或者縣級以上人民政府處理?！痹摲ㄟ€規(guī)定，侵犯土地的所有權或者使用權爭議，由縣級以上地方人民政府土地管理部門責令停止侵犯、賠償損失。所以，公民之間的宅基地糾紛，可以請求政府有關部門予以解決。 (3)司法解決。土地管理法第16條第3款規(guī)定：“當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴?！闭埱蠓ㄔ核痉ń鉀Q要分兩種情況：一是“宅基地確權”糾分，即公民之間就土地使用權和所有權的歸屬發(fā)生的糾紛，如果當事人一方或雙方提出宅基地權限不清，邊界不明，要求確定宅基地的權屬時，按照土地管理法第16條的規(guī)定，必須先經過有關行政機關的確權處理，對于處理決定不服，才可以向人民法院提起訴訟。否則，人民法院不予受理。另一種是“宅基地侵權”糾紛，即當事人一方提出對方侵犯了自己對土地的所有權或者使用權的，被侵權人可以不經行政機關的處理，而直接向人民法院起訴。 此外，宅基地糾紛還可以通過人民調解來解決。人民調解是指在調解委員會（包括城市的居民委員會和農村的村民委員會）的主持下，以國家的法律、法規(guī)規(guī)章、政策和社會公德為依據(jù)，對民間糾紛當事人進行說服教育、規(guī)勸疏導，促進糾紛當事人互諒互讓，平等協(xié)商，從而自愿達成協(xié)議，消除紛爭的一種群眾自治活動。人民調解是現(xiàn)行調解制度的一個重要組成部分，是我國法制建設中一項獨特的制度。