工程竣工后發(fā)現(xiàn)施工合同無效的，牽涉到的主要就是工程款的結(jié)算問題，對于此要分兩種情況： 一、建設(shè)工程竣工驗收合格的。此種情形下，承包人可以向發(fā)包人要求按照合同約定支付工程價款，發(fā)包人拒絕的，承包人可以向有管轄權(quán)的法院提起訴訟，請求法院判決發(fā)包人依照合同約定支付工程價款，法院應(yīng)予以支持。 二、建設(shè)工程經(jīng)竣工驗收不合格。這種情況下，要按照以下情形分別處理： （一）修復(fù)后的建設(shè)工程經(jīng)竣工驗收合格，發(fā)包人可以請求承包人承擔(dān)修復(fù)費用，承包人拒絕的，發(fā)包人向法院請求的，法院應(yīng)予支持； （二）修復(fù)后的建設(shè)工程經(jīng)竣工驗收還是不合格的，承包人無權(quán)請求支付工程價款，法院對此請求不予支持。 同時，因建設(shè)工程不合格造成的損失，發(fā)包人存在過錯的，也應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任。

合同無效的，當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)返還取得的財產(chǎn)，不能返還的應(yīng)當(dāng)折價補償；如果對合同無效有過錯的，應(yīng)當(dāng)賠償對方由此所受到的損失。 根據(jù)《民法典》第一百五十七條規(guī)定，民事法律行為無效、被撤銷或者確定不發(fā)生效力后，行為人因該行為取得的財產(chǎn)，應(yīng)當(dāng)予以返還；不能返還或者沒有必要返還的，應(yīng)當(dāng)折價補償。有過錯的一方應(yīng)當(dāng)賠償對方由此所受到的損失；各方都有過錯的，應(yīng)當(dāng)各自承擔(dān)相應(yīng)的責(zé)任。法律另有規(guī)定的，依照其規(guī)定。