處理農(nóng)村拆遷補償款糾紛的方式是： 1、行政復議，認為行政主體的具體行政行為侵犯其合法權(quán)益，依法向法定的行政復議機關(guān)提出復議申請； 2、民事訴訟，可以起訴民事侵權(quán)，要求停止侵害、賠償損失、恢復原狀； 3、協(xié)調(diào)裁決，由縣級以上地方人民政府協(xié)調(diào)；協(xié)調(diào)不成的，由批準征用土地的人民政府裁決。

1、行政裁決。對拆遷人與被拆遷或者拆遷人，被拆遷人與房屋承租人達不成拆遷安置協(xié)議，就補償安置爭議向人民法院提起民事訴訟的，人民法院不予受理，并告知當事人可以按照《拆遷條例》向有關(guān)部門申請裁決。《拆遷條例》規(guī)定拆遷人與被拆遷人或者拆遷人與被拆遷人、房屋承租人達不成拆遷補償安置協(xié)議的，經(jīng)當事人申請，由房屋拆遷管理部門裁決。實施裁決的房屋拆遷管理部門是縣級以上地方人民政府房屋拆遷管理部門。房屋拆遷管理部門是被拆遷人的，由同級人民政府裁決。裁決的內(nèi)容包括補償方式和補償金額、安置用房面積和安置地點、搬遷期限、搬遷過渡方式和過渡期限等事項。裁決應當自收到申請之日起30日內(nèi)作出。 2、依法起訴。若拆遷當事人對裁決不服，可以在接到裁決書之日60日內(nèi)向做出裁決的房屋拆遷管理部門的本級人民政府申請行政復議，也可以向做出裁決的房屋拆遷管理部門的上一級主管部門申請行政復議。當事人也可以在接到裁決書之日起3個月內(nèi)向人民法院起訴。為了不影響拆遷工作的順利進行，在訴訟期間，拆遷人已對被拆遷人給予貨幣補償或者提供了拆遷安置用房、周轉(zhuǎn)用房的情況下，訴訟期間可以不停止拆遷的執(zhí)行。 3、強制拆遷。在拆遷過程中的發(fā)生農(nóng)村拆遷糾紛，如被拆遷人或房屋承租人拒絕執(zhí)行房屋拆遷管理部門作出的裁決，《拆遷條例》規(guī)定，被拆遷人或者房屋承租人在裁決規(guī)定的搬遷期限內(nèi)未搬遷的，可以依法實施強制拆遷。實施強制拆遷必須以裁決為前提。對在裁決規(guī)定的搬遷期限內(nèi)未搬遷的，可以依法強制拆遷。實施行政強制拆遷，由房屋所在地的市、縣人民政府責成有關(guān)部門執(zhí)行，或者由房屋拆遷管理部門依法申請人民法院執(zhí)行。