分為兩種不同情況： 一、小產權房的性質是屬于履行了審批手續(xù)的房屋，但是集體經濟組織在安置本集體村民過程中擅自擴大了銷售對象。由于根據現行法律和政策，非本集體經濟組織的成員，不得購買在集體所有的土地上建設的房屋，因此買賣合同歸于無效。在此情況下，應首先認定所涉房屋的所有權是屬于農村集體經濟組織所有，或者屬于宅基地使用人所有，拆遷安置補償的利益，只能由所有權人即集體經濟組織及其成員享有。 二、小產權房是屬于違法建筑。對于這種情況，根據《國有土地上房屋征收與補償條例》第第二十四條 “市、縣級人民政府及其有關部門應當依法加強對建設活動的監(jiān)督管理，對違反城鄉(xiāng)規(guī)劃進行建設的，依法予以處理。市、縣級人民政府作出房屋征收決定前，應當組織有關部門依法對征收范圍內未經登記的建筑進行調查、認定和處理。對認定為合法建筑和未超過批準期限的臨時建筑的，應當給予補償；對認定為違法建筑和超過批準期限的臨時建筑的，不予補償。”的規(guī)定。若涉及賠償，但標準和持國有土地使用證住房會有很大的差別。國有使用證的取得費用中包含了土地出讓金,其中包含有征地補償費、安置補助費、地上附著物補償、國土收益等。在政府拆遷中會將這部門費用根據使用年限計算,而小產權房遇到補償時只會支付征地補償費和安置補償費,且這個費用很大一部分要歸集體經濟組織所有。而房產補償(也就是附著物補償)適用標準也不同于國有證住房。

各項征地補償費用的具體標準、金額由市、縣政府依法批準的征地補償安置方案規(guī)定。土地被征用前3年平均年產值的確定（有關土地補償費、安置補助費的補償標準）：按當地統(tǒng)計部門審定的最基層單位統(tǒng)計年報和經物價部門認可的單價為準。按規(guī)定支付的土地補償費、安置補助費尚不能使需要安置的農民保持原有生活水平的，可增加安置補助費。