區(qū)別在于權(quán)利歸屬不同：土地所有權(quán)，歸屬集體；承包權(quán)，歸屬農(nóng)戶；經(jīng)營權(quán)，歸屬經(jīng)營者。 1、首先，關(guān)于土地的所有權(quán)是由我國國家性質(zhì)所決定的。我國憲法明確規(guī)定“農(nóng)村和城市郊區(qū)的土地，除由法律規(guī)定屬于國家所有的以外，屬于集體所有；宅基地和自留地、自留山，也屬于集體所有”。因此，農(nóng)村土地集體所有權(quán)的根本地位堅持不變。 2、其次，土地承包經(jīng)營權(quán)屬于用益物權(quán)。在權(quán)利內(nèi)容上，多數(shù)觀點認為，土地承包經(jīng)營權(quán)系承包權(quán)與經(jīng)營權(quán)的雙重屬性混合。其中，承包權(quán)屬于成員權(quán)，只有集體成員才有資格擁有，具有身份依附性和不可對外轉(zhuǎn)讓性；經(jīng)營權(quán)屬于財產(chǎn)權(quán)，在權(quán)利屬性上具有可交易性。 3、由此，在“兩權(quán)分置”下，土地所有權(quán)和土地承包經(jīng)營權(quán)其實并不具備自由流轉(zhuǎn)的物權(quán)屬性。但“三權(quán)分置”體制實現(xiàn)了集體、承包農(nóng)戶、新型經(jīng)營主體對土地權(quán)利的共享，從法律制度的角度看，其本質(zhì)就是確定在不改變土地公有制的基本經(jīng)濟制度前提下，在土地上分離出一個更加符合市場交易要求的私權(quán)——土地經(jīng)營權(quán)。

土地承包合同生效后，發(fā)包方在30個工作日內(nèi)，將土地承包方案、承包方及承包土地的詳細情況、土地承包合同等材料一式兩份報鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府農(nóng)村經(jīng)營管理部門。由鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府農(nóng)村經(jīng)營管理部門對發(fā)包方報送的材料予以初審。符合規(guī)定的，給與登記造冊，鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府向縣級以上地方人民政府提出頒發(fā)農(nóng)村土地承包經(jīng)營權(quán)證的書面申請，經(jīng)縣級以上地方人民政府農(nóng)業(yè)行政主管部門對鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府報送的申請材料予以審核。申請材料符合規(guī)定的，編制農(nóng)村土地承包經(jīng)營權(quán)證登記簿，報同級人民政府向土地承包經(jīng)營權(quán)人頒發(fā)農(nóng)村土地承包經(jīng)營權(quán)證。