建設(shè)工程施工合同糾紛的管轄法院是由建設(shè)工程所在地的人民法院管轄，屬于專屬管轄。但如果工程還未施工的，可以由被告住所地或者合同履行地的人民法院進行管轄。

建設(shè)工程施工合同糾紛，按照不動產(chǎn)糾紛確定管轄。 根據(jù)2015年2月4日開始施行的最高人民法院關(guān)于適用《中華人民共和國民事訴訟法》的解釋（法釋〔2015〕5號）第二十八條第二款的規(guī)定：“農(nóng)村土地承包經(jīng)營合同糾紛、房屋租賃合同糾紛、建設(shè)工程施工合同糾紛、政策性房屋買賣合同糾紛，按照不動產(chǎn)糾紛確定管轄?！?民事訴訟法第三十三條規(guī)定：“因不動產(chǎn)糾紛提起的訴訟，由不動產(chǎn)所在地人民法院管轄?！毙旅裨V法解釋第二十八條第三款在此基礎(chǔ)上予以明確規(guī)定：“不動產(chǎn)已登記的，以不動產(chǎn)登記簿記載的所在地為不動產(chǎn)所在地；不動產(chǎn)未登記的，以不動產(chǎn)實際所在地為不動產(chǎn)所在地?！?另外，根據(jù)民事訴訟法規(guī)定，因不動產(chǎn)糾紛提起的訴訟適用專屬管轄，當(dāng)事人在約定管轄法院、提起管轄權(quán)異議的時候都不能違反級別管轄和專屬管轄的有關(guān)規(guī)定。因此，建設(shè)工程施工合同糾紛當(dāng)事人，只能約定由不動產(chǎn)所在地即建設(shè)工程所在地法院管轄案件，不能約定其他法院管轄。