商業(yè)秘密的損失計算一般有以下兩種方式：一是以商業(yè)秘密權(quán)利人因侵權(quán)行為遭受的損失作為定罪量刑和實際賠償?shù)囊罁?jù)。商業(yè)秘密權(quán)利人可計算的財產(chǎn)、收入方面的損失應全部作為損失的數(shù)額。這里既包括權(quán)利人本身的收入，也包括權(quán)利人預期的若干年內(nèi)收益。主要考慮的因素有：商業(yè)秘密的開發(fā)投入、商業(yè)秘密的成熟程度、商業(yè)秘密的利用周期及其是否可以重復利用，以及商業(yè)秘密的使用和轉(zhuǎn)讓、市場的供求狀況等。二是以侵權(quán)人因侵權(quán)行為獲得的利益作為損失和賠償額。這種損失的計算以侵權(quán)人未再向第三人披露、轉(zhuǎn)讓和不為其他公眾所知為前提。對于非法將商業(yè)秘密出賣給他人的，以其非法出賣收入為損失額;違法使用商業(yè)秘密進行生產(chǎn)經(jīng)營活動的，以其因此獲得或增加的利潤為損失額。司法實踐中，商業(yè)秘密權(quán)利人的損失往往難以計算，法院通常以侵權(quán)人所獲得的利潤作為裁判的依據(jù)。在計算侵權(quán)人在侵權(quán)期間因侵權(quán)所獲得的利潤時，不能簡單地以銷售額為獲利額，也不能以已生產(chǎn)的產(chǎn)品的價格總額乘以平均利潤率為獲利額，一般情況下，以銷售額乘以平均利潤率為獲利額較為妥當。商業(yè)秘密權(quán)利人的損失包括已經(jīng)遭受的損失和必然遭受的損失即直接損失和間接損失，而侵權(quán)人的獲利是實際獲利，而不包括預期獲利。但考慮到商業(yè)秘密權(quán)利人與其實有或潛在的客戶的交易能否成交存在著或然性，而不是必然性，交易中的風險無時不在。為了公平、完整、全面地維護各方當事人的利益，司法實踐中有些法院將侵權(quán)人的銷售額乘以平均利潤率的1/2為獲利額，這種做法值得借鑒。另外，在審判實踐中，某些侵犯商業(yè)秘密的行為往往是連續(xù)的，有的持續(xù)時間較長，此時，對損失額的計算，不能簡單地以被告的侵權(quán)所得為損失額，還必須考慮時效問題，如果被害人早已知道被告人的侵權(quán)行為，卻沒有采取任何措施，在超過訴訟時效之后，才向有關機關尋求救濟的，其損失額的計算應當自向有關機關尋求救濟之日起向前推算兩年計算，超過兩年的損失不予保護