需要根據(jù)情況來看，如果雙方有勞務關系，運輸費屬于報銷類的，就可以進行勞動仲裁。如果雙方是合作關系，所說的“運輸費”就屬于運輸合同運費糾紛一案,雙方?jīng)]有約定發(fā)生糾紛由仲裁機構解決的,應當起訴至人民法院管轄。 《民法典》第八百零九條運輸合同是承運人將旅客或者貨物從起運地點運輸?shù)郊s定地點，旅客、托運人或者收貨人支付票款或者運輸費用的合同。

《中華人民共和國勞動爭議調(diào)解仲裁法》 第二條中華人民共和國境內(nèi)的用人單位與勞動者發(fā)生的下列勞動爭議，適用本法： （一）因確認勞動關系發(fā)生的爭議； （二）因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發(fā)生的爭議； （三）因除名、辭退和辭職、離職發(fā)生的爭議； （四）因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護發(fā)生的爭議； （五）因勞動報酬、工傷醫(yī)療費、經(jīng)濟補償或者賠償金等發(fā)生的爭議； （六）法律、法規(guī)規(guī)定的其他勞動爭議。 第二十七條勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。 前款規(guī)定的仲裁時效，因當事人一方向對方當事人主張權利，或者向有關部門請求權利救濟，或者對方當事人同意履行義務而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。 因不可抗力或者有其他正當理由，當事人不能在本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續(xù)計算。 勞動關系存續(xù)期間因拖欠勞動報酬發(fā)生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間的限制；但是，勞動關系終止的，應當自勞動關系終止之日起一年內(nèi)提出。