1、內容不同 在畢業(yè)生就業(yè)協(xié)議當中，畢業(yè)生的義務是向用人單位如實地介紹自己的情況，并按時到用人單位進行報到。用人單位的義務是如實向畢業(yè)生介紹自己的情況，負責辦理畢業(yè)生有關手續(xù)。學校的義務則是負責完成有關的派遣工作，畢業(yè)生就業(yè)協(xié)議是畢業(yè)生分配的具體體現(xiàn)。勞動合同是勞動者與用人單位確立的勞動關系，明確雙方的權主體不同利和義務的合同。 2、主體不同 就業(yè)協(xié)議書主體有三方，畢業(yè)生、用人單位、高等院校。畢業(yè)生和用人單位是人才市場上的平等主體，雙方經(jīng)過供需見面，雙向選擇而達成協(xié)議。勞動合同的主體雙方，則是勞動者和用人單位，用人單位和勞動者之間是管理和被管理的關系。 3、法律依據(jù)不同 畢業(yè)生就業(yè)協(xié)議是無名合同，適用《民法典》、國家有關畢業(yè)生就業(yè)分配的法律法規(guī)和其他相關政策規(guī)定，這個協(xié)議一經(jīng)簽訂，各方應嚴格履行，任何一方要變動這個協(xié)議，需提前一個月取得另外兩方面的同意，否則按違約處理。勞動合同是有名合同，適用《勞動法》、《勞動合同法》、《勞動爭議調解仲裁法》等法律規(guī)范。 4、簽訂時間不同 一般來說就業(yè)協(xié)議簽訂在前，勞動合同訂立在后。就業(yè)協(xié)議是畢業(yè)生在找工作過程中落實用人單位后簽訂的，就業(yè)協(xié)議的簽訂在學生離校前。勞動合同是畢業(yè)生到用人單位報到后訂立的。如果畢業(yè)生與用人單位在工資待遇、住房等方面有事先約定，可在就業(yè)協(xié)議的約定條款中注明，附后補充，日后訂立勞動合同時對此內容應予以認可。 5、適用的人員不同 勞動合同可以適用與各類人員。凡是中華人民共和國公民只要有勞動能力并符合法律規(guī)定的條件，經(jīng)過供需見面雙向選擇，一經(jīng)錄用都可以與用人單位簽訂勞動合同。就業(yè)協(xié)議只適用與高校畢業(yè)生。 6、糾紛解決方式不同 畢業(yè)生因就業(yè)協(xié)議發(fā)生糾紛，任何一方均可以向人民法院提起訴訟，不能提請勞動爭議仲裁。若因勞動合同發(fā)生糾紛，任何一方均可向當?shù)氐膭趧訝幾h仲裁委員會申請仲裁，當事人對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提請訴訟;仲裁是訴訟的前置程序，如當事人就勞動爭議直接向人民法院起訴的，人民法院不予受理。就業(yè)協(xié)議書是教育部統(tǒng)一印制的，由畢業(yè)生、用人單位及畢業(yè)生所在高校三方簽定的就業(yè)協(xié)議書，是在畢業(yè)生派遣之前簽訂的;而勞動合同是勞動者與用人單位之間簽定的關于權利義務的法律文書，受勞動法的約束與保護，并且是在畢業(yè)生到單位報到后簽定的。不論有何區(qū)別，但在就業(yè)協(xié)議書與勞動合同一經(jīng)簽定，都具備法律效力，不論是畢業(yè)生還是用人單位，都應當按照約定履行。

就業(yè)協(xié)議書是教育部制定的高校應屆畢業(yè)生在就業(yè)過程中簽訂的關于就業(yè)的協(xié)議，約定學生畢業(yè)后到用人單位工作，不屬于勞動合同，不受《勞動合同法》的調整。而勞動合同書是勞動者與用人單位簽訂的約定雙方權利義務的書面合同，受《勞動合同法》的調整。學生畢業(yè)時雖然簽訂了就業(yè)協(xié)議書，但是到單位工作后還是需要與用人單位簽訂勞動合同。