勞動者可以申請勞動仲裁，要求用人單位支付其加班費以及被克扣的工資。1、去當?shù)厝肆Y源和社會保障局（原勞動局）內(nèi)的勞動爭議仲裁委，申請勞動仲裁，立案時需攜帶：仲裁申請書2份、申請人身份證復印件1份；相關證據(jù)復印件和證據(jù)清單2份；用人單位的工商登記信息（北京地區(qū)不需要提供登記信息）。2、提交材料后，5個工作日仲裁委給予立案，然后給雙方舉證期，給對方答辯期；然后開庭審理，之后對你們雙方進行調(diào)解，調(diào)解不成仲裁委會下達裁決書；勞動仲裁60天內(nèi)結案；對于裁決書不服，勞動者可以起訴到法院；3、申請勞動仲裁期間，不耽誤勞動者去新單位工作。申請勞動仲裁可以追討兩年前的加班工資，但是需要勞動者承擔全部舉證責任。工作日加班費的計算方式：月工資÷21.75÷8×加班小時數(shù)×1.5倍；雙休日加班費的計算方式：月工資÷21.75÷8×加班小時數(shù)×2倍；法定節(jié)假日加班費的計算方式：月工資÷21.75÷8×加班小時數(shù)×3倍。證明加班時間方面的證據(jù)主要包括：考勤表、考勤卡、加班審批單、加班通知、監(jiān)控錄像、證人證言、加班時所做工作形成的書面文字記錄、電子郵件等。《勞動法》第四十四條有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高于勞動者正常工作時間工資的工資報酬：（一）安排勞動者延長工作時間的，支付不低于工資的百分之一百五十的工資報酬；（二）休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低于工資的百分之二百的工資報酬；（三）法定休假日安排勞動者工作的，支付不低于工資的百分之三百的工資報酬?！秳趧臃ā返谖迨畻l工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。《工資支付暫行規(guī)定》第十八條各級勞動行政部門有權監(jiān)察用人單位工資支付的情況。用人單位有下列侵害勞動者合法權益行為的，由勞動行政部門責令其支付勞動者工資和經(jīng)濟補償，并可責令其支付賠償金：（一）克扣或者無故拖欠勞動者工資的；（二）拒不支付勞動者延長工作時間工資的；（三）低于當?shù)?a target="_blank" href="http://www.cookingeasy.cn/zhishi/laodong/yuangongquanyi_zdgz/">最低工資標準支付勞動者工資的。經(jīng)濟補償和賠償金的標準，按國家有關規(guī)定執(zhí)行。