在實踐中，企業(yè)和員工在特殊時間制度中的加班爭議主要有四個方面:首先，許多工人對綜合時間制度中的加班工資有誤解。他們認為假日加班也應該有加班費。一旦企業(yè)的綜合工作時間符合法定標準，員工提出的仲裁申請能得到法律支持。與此相對應，他們認為實施特殊工作時間制度，員工無論如何加班都沒有加班費。二是部分企業(yè)在原執(zhí)行特殊工時制行政許可決定書到期后未及時申報的情形。這種情況往往導致雙方實際執(zhí)行綜合工時制，但由于缺乏行政許可的必要生效要件，雙方容易發(fā)生加班費糾紛。這也導致企業(yè)只能按照標準工時制處理加班問題。三是某單位已經被勞動行政部門批準執(zhí)行特殊工時制度，但雙方勞動合同約定執(zhí)行標準工時制度。一旦產生加班，企業(yè)認為還可以按照特殊工時制來處理，但按照《勞動合同法》相關規(guī)定，該情況仍應按照標準工時制度來核算相應的加班工資。第四種情況是部分個體經營組織自行規(guī)定特殊工時制。

《勞動法》第三十九條　企業(yè)因生產特點不能實行本法第三十六條、第三十八條規(guī)定的，經勞動行政部門批準，可以實行其他工作和休息辦法。 《勞動合同法》第八十五條規(guī)定，用人單位有下列情形之一的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬、加班費或者經濟補償； 勞動報酬低于當?shù)刈畹凸べY標準的，應當支付其差額部分；逾期不支付的，責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金： （一）未按照勞動合同的約定或者國家規(guī)定及時足額支付勞動者勞動報酬的； （二）低于當?shù)刈畹凸べY標準支付勞動者工資的； （三）安排加班不支付加班費的； （四）解除或者終止勞動合同，未依照本法規(guī)定向勞動者支付經濟補償?shù)摹?/p>