公司之間合同糾紛一般分以下幾種處理方式：一是用協(xié)商的方式自行解決，這是最好的方式；二是用調(diào)解的方式，由有關(guān)部門幫助解決；三是用仲裁的方式由仲裁機(jī)關(guān)解決；四是用訴訟的方式。向人民法院請求保護(hù)民事權(quán)利的訴訟時(shí)效期間為三年。

可以先協(xié)商溝通處理，協(xié)商不成的，再到當(dāng)?shù)貏趧?dòng)監(jiān)察大隊(duì)反映或者向當(dāng)?shù)貏趧?dòng)人事爭議仲裁委申請勞動(dòng)仲裁解決問題。與公司發(fā)生糾紛解決方式： (1)協(xié)商程序。協(xié)商是指勞動(dòng)者與用人單位就爭議的問題直接進(jìn)行協(xié)商，尋找糾紛解決的具體方案。協(xié)商程序不是處理勞動(dòng)爭議的必經(jīng)程序。雙方可以協(xié)商，也可以不協(xié)商，完全出于自愿，任何人都不能強(qiáng)迫。 (2)申請調(diào)解。與協(xié)商程序一樣，調(diào)解程序也由當(dāng)事人自愿選擇，且調(diào)解協(xié)議也不具有強(qiáng)制執(zhí)行力，如果一方反悔，同樣可以向仲裁機(jī)構(gòu)申請仲裁。 (3)仲裁程序。勞動(dòng)爭議仲裁委員會(huì)是國家授權(quán)、依法獨(dú)立處理勞動(dòng)爭議案件的專門機(jī)構(gòu)。申請勞動(dòng)仲裁是解決勞動(dòng)爭議的選擇程序之一，也是提起訴訟的前置程序，即如果想提起訴訟打勞動(dòng)官司，必須要經(jīng)過仲裁程序，不能直接向人民法院起訴。 (4)訴訟程序。訴訟程序即我們平常所說的打官司。訴訟程序的啟動(dòng)是由不服勞動(dòng)爭議仲裁委員會(huì)裁決的一方當(dāng)事人向人民法院提起訴訟后啟動(dòng)的程序。訴訟程序具有較強(qiáng)的法律性、程序性，作出的判決也具有強(qiáng)制執(zhí)行力。