1、兩者的定義不同。建設(shè)用地使用權(quán)是指在國家或集體所有的土地上建造并經(jīng)營建筑物、構(gòu)筑物及其附屬設(shè)施的權(quán)利；宅基地使用權(quán)指的是農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織的成員依法享有的在農(nóng)民集體所有的土地上建造個(gè)人住宅的權(quán)利。 2、兩者的使用主體不同。宅基地使用權(quán)是村民在集體經(jīng)濟(jì)組織內(nèi)部享有的權(quán)利，非本集體成員并不享有宅基地使用權(quán)；建設(shè)用地使用權(quán)對(duì)主體并沒有限制。 3、兩者的土地權(quán)限不同。宅基地使用權(quán)人使用的土地只限于農(nóng)村集體土地；根據(jù)《物權(quán)法》第十二章第一百三十五條的規(guī)定：“建設(shè)用地使用權(quán)人依法對(duì)國家所有的土地享有占有、使用和收益的權(quán)利，有權(quán)利用該土地建造建筑物、構(gòu)筑物及其附屬設(shè)施?！苯ㄔO(shè)用地指的是國家所有的土地。 4、兩者取得的費(fèi)用條件不同。宅基地使用權(quán)的取得是無償?shù)?；建設(shè)用地使用權(quán)的取得大部分情況下都是有償?shù)?，需要交納土地使用費(fèi)，只有在劃撥的情況下不用交納。

兩者的區(qū)別主要在于所指向的對(duì)象不同： 1、宅基地使用權(quán)確權(quán)登記指的是宅基地的使用權(quán)，不包括所有權(quán)及處置權(quán)（屬于集體所有），并且宅基地使用權(quán)是不能繼承及單獨(dú)轉(zhuǎn)讓的； 2、房屋產(chǎn)權(quán)確權(quán)，是指地上建筑物的所有權(quán)及處置權(quán)，只要當(dāng)事人雙方協(xié)商一致，建筑物本身，是可以轉(zhuǎn)讓的； 3、需要說明的是：農(nóng)村宅基地上的建筑物通常來說，沒有房產(chǎn)證，只有土地使用權(quán)確權(quán)登記證，只有本村的農(nóng)業(yè)戶口人員在一戶一宅的前提下，才能受讓。